巴洛斯被关押在狐狸河监狱，在这里人们送他外号水槽小林。这是因为，据说他受到威胁时，"会用除了厨房水槽以外的任何东西来对付你"。除了参与普遍存在的监狱斗殴外，巴洛斯起初还是个模范犯人，甚至被获准离开他的死囚牢房去参加监狱工厂劳动计划。他和他的弟弟迈克尔在监狱里重逢，两人之间历时数年的疏远好像也渐渐冰释。但没人怀疑过他们同时也在实施一项越狱计划。

　　入狱后，巴洛斯同他儿子小林肯的关系也变得亲密起来。当他的儿子以身试法(此人因为非法持有大麻被捕--请参考小林肯·巴洛斯的档案)后，小林肯的保释官让他参与了一项监狱教育计划，定期同他的父亲会面。然而，小林肯随即因卷入其母亲和继父的谋杀案而出逃，以躲避对他的控告。可以确信，他在这段时间仍设法保持同其父亲的联系，并且有可能向巴洛斯的老朋友薇洛尼卡·多娜芬寻求保护。

　　尽管许多时候巴洛斯都表现得像个模范犯人，但他确实也同其他犯人和警卫发生过冲突。在原定行刑日的前一天，巴洛斯在休息室外拳击过一名狱警。因为这件事，巴洛斯被实行了管制性隔离。当晚，他发生了严重的腹泻。后来经过确认，这其实是初次越狱计划中为了将其送到医务室而实施的诡计。当这次尝试失败后，巴洛斯被送回了安全关押区，等待行刑。

　　与此同时，巴洛斯的弟弟，迈克尔·史考菲尔德，应当也在进行着一个备选越狱方案。然而，在真正的越狱事件发生之前，发生了另一件可疑事件，一次真假难辨的越狱企图。下面的报告来自监狱内部档案。该报告从未正式被提交至管教部。